Sejarah Terbentuknya Desa Johogunung pada awalnya merupakan komunitas pemukiman penduduk dengan jumlah jiwa yang masih sedikit, yang dulunya bernama Dusun Karang Setono yang dipimpin oleh Bintoro Kartosuro, yang berada di kawasan pegunungan dekat dengan hutan lindung milik Perum Perhutani.
Menurut cerita yang di ambil dari sesepuh desa pada suatu hari masyarakat karang setono berburu banteng yang sering mengganggu tanaman warga, dengan beramai ramai warga desa karang setono mengejar seekor banteng besar hingga terpojok (bhs jawa : keboncong) didekat mata air, sehingga wilayah sekitar banteng terpojok tersebut dinamakan BONCONG (keboncong= Terpojok) namun usaha warga sia sia karena banteng liar tersebut masih dapat melarikan diri, dengan semangat menggebu warga desa kembali mengejar banteng tersebut yang lari kearah bawah desa akhirnya warga melempari banteng tersebut dengan batu sehingga wilayah sekitar tempat warga melempari banteng dengan batu tersebut dinamakan TUSEWU = Batu Sewu (Batu Seribu) akhirnya banteng tersebut roboh dan tempat robohnya banteng tersebut dinamakan BANTENG RUBOH (Banteng Roboh).
Karena sering diganggu binatang – binatang buas yang sering masuk ke kampung, Akhirnya warga Padukuhan karang setono sepakat untuk pindah kearah selatan. Menurut cerita para sesepuh bahwa desa Johogunung sebelum ditempati warga padukuhan karang setono, disitu tumbuh pohon tinggi besar dan rindang, Pohon tersebut jarang dijumpai dilain tempat sehingga dapat dikatakan langka, namanya pohon “JOHO”. Pohon joho dapat hidup hingga ratusan tahun dan mencapai ketinggian 50 Meter, dahanya menyebar dan bercabang, pada batangnya biasa ditumbuhi simbar simbar, pohon joho dipercaya merupakan pohon yang disukai oleh bangsa jin dan siluman sebagai tempat tinggalnya dan daerah sekitarnya biasanya dijadikan wilayah kerajaanya. Hingga saat ini pohon tersebut masih ada didekat pemandian (sumur Belik).
Latar belakang dinamakan desa johogunung adalah mengandung maksud bahwa ibarat pohon joho yang besar rindang dan tinggi, diharapkan desa johogunung seperti pohon tersebut yaitu menonjol, kuat, terkenal dan juga ayem tentrem, karena keadaan desa yang berada dipegunungan maka ditambahkan menjadi nama desa JOHOGUNUNG.
Kepemimpinan didesa johogunung didominasi oleh keturunan To widjojo antara lain Reso Widjojo yang merupakan putra dari To widjojo, Pramu widjojo yang merupakan Putra dari Reso widjojo, Sujoto Drajat yang merupakan Keponakan Pramoe widjoyo, Tasimin sutrisno juga keponakan menantu Pramu widjojo Dan terakhir Moh. Kurneo yang mempunyai nama lain Umar Widjojo yang merupakan Putra dari Pramoe widjojo.
Hal ini menunjukkan bahwa masyarakat desa johogunung adalah masyarakat yang menghargai para pemimpin dan pendiri desa. Sampai saat ini diketahui Desa Johogunung sudah 8 kali berganti kepemimpinan yaitu:
DAFTAR KEPALA DESA JOHOGUNUNG
